在邪神加坦傑厄和迪迦奧特曼的決戰結束後，人類世界迎來了長達兩年的和平歲月。這一日，入間隊長隨同GUTS考古隊來到位于南太平洋的遠古遺迹露露耶，他們再次發現了業已毀滅的超古代城市以及三尊邪神的石像希特拉在邪神加坦傑厄和迪迦奧特曼的決戰結束後，人類世界迎來了長達兩年的和平歲月。這一日，入間隊長隨同GUTS考古隊來到位于南太平洋的遠古遺迹露露耶，他們再次發現了業已毀滅的超古代城市以及三尊邪神的石像希特拉（婆裟羅天明 飾）、達拉姆（松田優 飾）及女領袖卡美拉（芳本美代子 飾）。入間極力反對對古迹的觸動，但絲毫無法改變上層的決定，最終導致三尊邪神複活，人類再度面臨危機。與此同時，圓·大古（長野博 飾）與柳濑·蕾娜（吉本多香美 飾）相知相守，即將步入婚禮的殿堂。可是邪神指揮其爪牙向人類世界發起進攻，早已喪失奧特曼力量的大古，面對當前的危機束手無策。
三千萬年前毀滅人類文明的遙遠記憶，折磨著重新大古與迪迦奧特曼的神經…
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